《天元突破 红莲之眼》的舞台架设在架空的未来世界，住在不知天空为何物的村庄“基哈”（ジーハ）的少年“西蒙”（シモン）在开垦村庄时，偶然挖掘到一块闪耀着神秘光芒的晶体。在那之后，巨大的机器人从天井中冲入，对村庄进行大肆地破坏，西蒙与大哥卡米那（カミナ）以及从地面来的少女优子（ヨーコ）一起，与巨大的机器人展开了殊死的战斗……