《夏目友人帐》的动画版故事计述的是一位因为看得见妖怪而被人类疏远的女子夏目玲子，为了打发寂寞的日子，她向妖怪们发起挑战，并将败在自己手下的妖怪的名字写在一纸契约上，以此做为妖怪们成为自己属下的证据。 玲子的孙子夏目贵志得到了那些契约书所做成的“友人帐”，还继承了玲子的力量，能看到不会显现在人前的物体。而且也和玲子一样成为了被周围人疏远的一员。 可是，作为唯一继续了玲子血统的他却做出了一个重要的决定：将玲子夺过来的妖怪们的名字一一归还。在这样的夏目的身边，开始聚集起各种各样的妖怪们……