三年修行的时间飞快地过去了，一个崭新的鸣人回到了木叶村。迷人的小樱同样也在她的恩师纲手那里学到了不得了的忍术。但是在这喜悦的重逢背后一个超S级的任务正等待着他们去完成......在砂隐忍者村，我爱罗已经当上了新一代的风影。但是“晓”的魔掌竟然先伸向了我爱罗......结果，在木叶众人的帮助下，“晓”中砂隐的叛忍赤砂之蝎阵亡，千代婆婆牺牲自己、救活了因失去体内的一尾而死亡的我爱罗......

完成任务后，鸣人与小樱迫于带回佐助，因此，卡卡西班重新出动——但，队长由卡卡西的学弟，大和代替（卡卡西用眼过度而住院），并由“根”的一员----佐井代替佐助。任务是由大蛇丸的间谍口中，掏出关于佐助的情报。不过，佐井与鸣人的不和，并遇见大蛇丸后，鸣人的九尾化，遇见佐助后的对话......究竟，这个可能的任务会因这些因素而不可能完成吗？

由于佐助逃脱，任务以失败告终。鸣人为夺回佐助，开始接受卡卡西的新术训练。刚开始掌握风遁的查克拉时，便接到要前往火之寺捉拿盗墓贼的任务（还是任务，无言......）。在那儿，遇见有神秘力量的空。他与鸣人有很大的矛盾，却有着与鸣人同样的遭遇。究竟，这群盗墓者是何